Condifesa Lombardia Nord-Est è stato costituito il 18 Marzo 2014 dalla fusione per incorporazione del Consorzio di Difesa delle Colture Intensive della Provincia di Brescia – Condifesa Brescia (costituito a Brescia il 17 febbraio 1975 con lo scopo di offrire l'assistenza tecnica e organizzativa ai Soci per il miglioramento della difesa delle loro produzioni con particolare riguardo a quella viticola, olivicola e alle attività previste dalla legge 25 maggio 1970 n.364) con il Consorzio di Difesa delle Colture Intensive della Provincia di Como-Lecco - Condifesa Como/Lecco (incorporato, costituito a Como e riconosciuto il 03/04/1984 e iscritto nel registro delle persone giuridiche private tenuto dalla Regione Lombardia al n. 825 il 07/04/2001, con competenza territoriale anche nelle province di Varese e di Sondrio).
Ha ottenuto il riconoscimento come Consorzio di Difesa dal Ministero dell'Agricoltura e Foreste con Decreto 30/12/1975 n.2721 pubblicato sulla Gazzetta Ufficiale del 27/01/1976.
È iscritto nel REA della CCIAA di Brescia al n. 450156 e al Registro delle Persone Giuridiche Private tenuto dalla Regione Lombardia al n. 1537 del 27/1/2003 con DR n 559 del 23/1/2003.
In data 2/9/2008 ha ottenuto con certificato n 13654 il riconoscimento di "attuare e mantenere un sistema di gestione qualità conforme alla norma UNI EN ISO9001:2000" settore EA35 per “sviluppo ed erogazione ai soci di servizi di assistenza tecnica/organizzativa e procedimenti di difesa attiva e passiva per il miglioramento e la tutela delle produzioni agricole con relative attività annesse e complementari”. Con l'audit dell'01/08/2014 Condifesa Lombardia Nord-Est mantiene il riconoscimento alla norma UNI EN ISO 9001:2008.
La Prefettura di Brescia con documento prot.n° 18111 in data 14/04/2016 dispone l’iscrizione nel Registro delle Persone giuridiche al n°553 del Condifesa Lombardia Nord-Est